Några länsstyrelser samarbetar sedan 2009 vad gäller inventeringar av vattenväxter i sjöar. Inventeringarna samordnas av Länsstyrelsen i Stockholm i ett så kallat gemensamt delprogram inom miljöövervakningen. Denna rapport syftar till att ge vägledning för utformandet av det gemensamma delprogrammet 2015-2020. Tyngdpunkt i utvärderingen har varit a) översyn av Undersökningstypen för makrofyter i sjöar med avseende på vägledning kring vilket antal transekter som bör inventeras per sjö, b) statusklassning av ekologisk status enligt ramdirektivet för vatten, c) förändringar i makrofytsamhällen i tidsseriesjöar, samt d) bristanalys av dataförsörjning. För utvärderingen har kvantitativa makrofytdata från 548 sjöar i hela Sverige använts. Data har inkommit till datavärden, SLU, dels via det nationella dataförsörjningsprogrammet och dels via det nationella miljöövervakningsprogrammet för makrofyter i sjöar.

Med hjälp av bland annat framtagna artkumuleringskurvor kunde konstateras att det hittills har inventerats för få transekter i de flesta sjöarna. Baserat på sambandet mellan sjöarea och antalet funna hydrofyter togs en rekommendation fram om antalet transekter som bör inventeras för att erhålla pålitliga makrofytdata. Antalet funna vattenväxtarter varierade även stort mellan inventerare. För att erhålla pålitliga makrofytdata föreslås nationella insatser för kompetenshöjning, interkalibrering samt individuell ackreditering.

Statusklassning baserad på makrofyter visar att många sjöar i datamaterialet har minst god ekologisk status (59 %). Sjöar med måttlig eller sämre ekologisk status rapporteras främst från Stockholms-, Södermanlands- och Jönköpings län. Det är också dessa län som har rapporterat in flest antal makrofytdata. I dagsläget är det dock svårt att avgöra om observerade förändringar i makrofytsamhällen (både ökningar och minskningar) är faktiska förändringar eller pseudoförändringar på grund av till exempel bristfälligt genomförda inventeringar.

Tack vare det nationella dataförsörjningsprogrammet har dataunderlaget för en framtida revidering av bedömningsgrunderna för makrofyter förbättrats avsevärt. Det finns dock fortfarande regioner i Sverige där dataunderlaget är bristfälligt eller för gammalt. Dessa regioner inkluderar hela området norr om Limes Norrlandicus, Öland, Gotland, Skånes län, Värmlands län, Västra Götalands län och Kronobergs län. Även naturtyperna 3140 (Kransalgssjöar), 3150 (Naturligt näringsrika sjöar) och 3160 (Myrsjöar) är underrepresenterade i befintliga data.