Underlaget till denna rapport bygger framförallt på fem fristående inventeringar med delvis olika mål. Inventeringarna som utfördes under 1999 (Ydre) och 2000 (Kinda, Boxholm) var framför allt inriktade på flodpärlmussla, men även övriga stormusslor noterades. Undersökningen 2001 var en del i ett större nationellt projekt (Stormusselprojektet 2001) med målet att ta fram en metodik för att undersöka damm- och målar-musslor i vattendrag och sjöar. I detta projekt besöktes ett antal historiskt intressanta mussellokaler i Östergötland. Inventeringarna under 2004 var en komplettering till Stormussel-projektet med syfte att följa upp ytterligare lokaler som framkommit under arbetets gång. Under 2006 till 2009 genomfördes inventeringar med syfte att förbättra kunskapsläget i av skyddade områden och kunskapsbehovet för skydd av limniska miljöer. Även uppgifter från miljökon-sekvensbeskrivningar, examensarbeten samt rapporteringar i artportalen.se ingår i underlaget till denna rapport.

De arter som är mest hotade idag är flodpärlmussla, Margaritifera margaritifera (akut hotad enligt svenska rödlistan, upptagen i EU:s habitatdirektiv), tjockskalig målarmussla, Unio crassus (akut hotad enligt svenska rödlistan, upptagen i EU:s habitatdiektiv). Dessa två samt i viss mån även flat dammusslan och äkta målarmussla (nära hotade enligt svenska rödlistan) är de arter som man bör ha under uppsikt samt arbeta för att bevara långsiktigt. De övriga damm- och målarmusslorna återfinns i sådana numerär att specifikt bevarandearbete inte krävs.

Flodpärlmusslan återfinns idag naturligt enbart på en lokal enligt definitionen bestånd. Detta är i Olstorp i Bulsjöån mellan sjöarna Västra och Östra Lägern. Här hittades 2014 152 levande individer. På övriga lokaler med flodpärlmussla (Silverån, Byasjön-Boen samt Svartån, Öringe samt i biflödet Lillån) återfanns enbart enstaka individer. På senare år (2013-2014) har Länsstyrelsen inom arbetet med åtgärdsprogram för hotade arter återintroducerat flodpärlmussla på två områden i Bulsjöån.

Tjockskalig målarmussla har påträffats på totalt sju lokaler. Svartån, (Öjebro, Egebylund, Öringe) Kisaån (Föllingsö) Kapellån (Lagerlunda, Linköpings kommun), Hällaån (Söderköping kommun), Storån i Falerum (Åtvidaberg kommun) samt Skansån (Motala kommun). Av dessa kan enbart Kisaån, Kapellån, Storån i Falerum, Hällaån och Svartån sägas ha lokaler med livskraftiga bestånd.

Flat dammussla har hittats på sammanlagt tre lokaler. Storån (sammanflödet Storån-Tvärån), Svartån (Solberga) samt Kisaån (Föllingsö).

Äkta målarmussla har påträffats på nio lokaler i sex olika vattendrag.