Vegetationskartan över de svenska fjällen ger en bra översiktlig bild över den storskaliga fördelningen av vegetationstyper inom fjällområdet. Den höga generaliseringsgraden i kartan medför dock att den karakteristiskt småskaliga variationen i fjällens vegetation döljs. Slutsatsen är att vegetationskartan är alltför generaliserad för att användas som underlag för att följa förändringar i vegetationen. Det är således tveksamt om vegetationskartan uppfyller kvalitetskraven för utgöra underlagsmaterial för basinventeringen inom Natura 2000.

I rapporten visas att NILS har stor potential för att tillgodose informationsbehoven för Natura 2000 inom fjällområdet. För vanligt förekommande Natura 2000 habitat, bl a Fjällhedar och boreala hedar samt Nordisk fjällbjörkskog, bedöms NILS 1x1 km 2 rutor vara tillräckligt många för att ge ett godtagbart statistiskt underlag med avseende på tillstånd och förändringar i miljön. Den pågående datainsamlingen inom NILS bedöms kunna täcka merparten av informationsbehovet för vanliga vegetationstyper. I rapporten visas att NILS 5x5 km 2 rutor har stor potential för att följa tillståndet i sparsamt förekommande habitat, t ex kalkgräsmarker och rasbranter. Detta kan göras genom kompletterande flygbildstolkning och riktade fältinventeringar utöver vad som ingår i det ordinarie programmet. För sällsynt förekommande habitat behövs en förtätning av NILS stickprovsutlägg.