Data från 321 enskilda vattendrag med information om vattenkemi, kiselalger och bottenfauna sammanställdes och analyserades för att jämföra kiselalgers och bottenfaunas lämplighet som indikatorer på närsaltshalt och surhet inom miljömålsuppföljningen. Vad gäller surhet gav kiselalgsindexet en mer precis och pålitlig överrensstämmelse med uppmätta pH-halter (både årsmedel och lägsta pH under året) än bottenfaunaindexen. Kiselalgsindexet hade även en lägre mellanårsvariation som var starkare kopplad till variationen i pH. Vi fann inga regionala skillnader i bedömningen av surhet med något av indexen. Vad gäller bedömningen av närsalter var skillnaderna mellan de jämförda indexen mindre men kiselalgerna svarade i allmänhet något bättre mot de uppmätta halterna av närsalter än bottenfaunaindexen. Vid en jämförelse av bedömning av ekologisk status för vattendrag som klassats med båda bedömningsgrunderna ger bottenfaunan i genomsnitt en högre status än kiselalgerna, särskilt i södra Sverige. Kiselalgernas bedömning av ekologisk status korrelerade bättre än bottenfaunan med statusklassning av näringsämnen (totalfosfor) i vattendrag . Vi konstaterar att skillnaderna i bedömning av ekologisk status med avseende på näring behöver undersökas vidare men att för miljömålsuppföljningens syfte att hitta en väl fungerande och kostnadseffektiv biologisk indikator på vattenkemiska variabler som surhet och närsaltshalt så verkar kiselalger bättre lämpade än bottenfauna.