Fiskfaunans variation mellan år undersök¬tes med hjälp av provfiskedata från natio¬nella övervakningsprogram under perioden 1994-2006. Utvärderingen omfattade 35 okalkade sjöar inom abborrens utbred¬ningsområde. Elva sjöar hade provfiskats varje år under perioden, medan resterande sjöar hade provfiskats två till elva år. I ana¬lyserna användes ett nytt fiskindex (EQR8) och ett antal indikatorer på fisksamhällets struktur och på populationer av abborre och mört. Det nya indexet varierade generellt mindre mellan år jämfört med många av de enskilda samhälls- och populationsindika¬torerna. Sura sjöar i södra Sverige avvek, liksom nordliga sjöar, på flera sätt från neutrala och sydliga sjöar. Fisksamhällena i de sura sjöarna hade som väntat störst avvikelser från sjöspecifika referensvärden. De avvek till exempel genom att ha för låg artdiversi¬tet och fiskbiomassa, och för hög andel stor, potentiellt fiskätande abborrar. Även nord¬liga sjöar hade en oväntad hög andel stora abborrar, men även en oväntad hög täthet av fisk. De olika sjökategorierna varierade också med avseende på mellanårsvariation. Antalet arter och indexet EQR8 varierade mest mellan år i de sura och sydliga sjöar¬na, och artdiversiteten hade högst variation i de nordliga sjöarna. Abborrens biomassa var i genomsnitt lägre och abborren utgjorde en mindre andel av fisksamhället i de neutrala och sydliga sjöarna än i de andra kategorierna. Dessutom var individerna i genomsnitt mindre. Sjöar i norra Sverige hade högst variation mellan år i andelen unga abbor¬rar och i abborrens numerära andel av fisksamhället. Abundansen av ung mört var lägre i både sura och sydliga och i nordliga sjöar, jämfört med i neutrala och sydliga sjöar. Samma kategorier avvek med hög mellanårsvariation i mörtens medelvikt och i andelen ung mört. Abborre och mört växer generellt inte när vattnet är kallare än 10 °C. Därför ökar risken för att tillväxt och rekrytering be¬gränsas av låg vattentemperatur från söder till norr. Den relativa årsklasstyrkan var positivt korrelerad mellan fiskarterna, och för båda arter fanns tendenser till positiva samband mellan årsklasstyrka och vat¬tentemperaturen under maj-september. År 2002 noterades genomgående den varmaste tillväxtsäsongen under mätserierna. Då kläcktes starka årsklasser av abborre och mört i en del av de sura sjöarna och i alla nordliga sjöar med tillgängliga data. Glesare än årliga provfisken verkade fungera bra för att jämföra medelvärden och mellanårsvariation mellan olika kate¬gorier av sjöar. Med ett sådant syfte är det en fördel att ha många sjöar med några få mätningar, snarare än för få sjöar med årliga provfisken. Data från enstaka år riskerar dock att ge skeva representationer i enskilda sjöar. Med den höga mellanårsva¬riation som observerades i både sura och nordliga sjöar, behövs det fler års provfisken för att upptäcka tidsmässiga trender, än i de mindre variabla neutrala och sydliga sjöarna.