På uppdrag av Naturvårdsverket, Länsstyrelsen i Västra Götaland och Bohuskustens Vattenvårdsförbund har provtagningar utförts 2009 för att bedöma bottenmiljön med hjälp av fotografering av sedimentprofiler i fjordarna Gullmarn, Koljöfjorden och Havstensfjord i Skagerrak och i områdena Laholmsbukten och Skälderviken i Kattegatt, samt i Öresund. Provtagningarna utförs enligt en generell undersökningsmodell för områdesövervakning. Inga storskaliga förändringar i bottenmiljön har kunnat observeras i Västerhavet sedan provtagningarna startade 2001. Generellt har bottenmiljön under 2009 en god till måttlig status i hela Kattegatt/Öresund enligt EU:s Vattendirektiv. I Skagerrak varierade bottenmiljön dock kraftigt beroende på område, med hög status av bottenmiljön i Gullmarn, och mellan måttlig till god status i Havstensfjord. På flera platser i Koljöfjorden saknades makroskopiskt liv och bottens miljöstatus klassas som dålig.