Hösten 2005 genomfördes en riksomfattande sjöinventering som omfattade 2782 sjöar. Sjöinventeringen hade 2005 ett mer riktat syfte att följa upp de två miljömålen”Bara naturlig försurning” och ”Ingen övergödning”. I undersökningen ingick 1653 sjöar som valts slumpvis bland okalkade sjöar i SMHI:s sjöregister. För detta användesett uppdaterat register över kalkade sjöar. Dessutom ingick 360 kalkade sjöar. Därutöveringick 99 utvalda eutrofa sjöar, 84 sjöar som provtagits i samtliga nationella sjöinventeringarsedan 1972 och för jämförelser även 50 sjöar inom programmet förtrendsjöar. Länsstyrelserna kompletterade undersökningen med egna medel vilketresulterade i 536 ytterligare sjöar. Endast vattenkemiska analyser ingick i undersökningen.Till skillnad från Riksinventeringarna 1995 och 2000 ingick även sjöarmindre än 4 ha i de nationellt utvalda sjöarna. För att beskriva tillståndet i samtligaSveriges okalkade och kalkade sjöar större än 1 ha användes 1974 sjöar.