Under 1930-talet analyserade Gunnar Lohammar makrofytvegetationen och biogeokemin i 151 svenska sjöar. Detta material, kompletterat med data från återinventeringar ger en unik möjlighet att studera sambandet mellan makrofytvegetation, biogeokemi och markanvändning. Sommaren 2005 återinventerades 17 av Lohammar-sjöarna (åtta i Uppland och nio i Norrbotten) med målet att förstå de ovan nämnda sambanden samt förändringen i dessa. Makrofyterna visade tydliga preferenser längs de biogeokemiska gradienterna. Responsen längs gradienterna av isoetiderna och lemniderna var enhetlig inom respektive grupp medan arterna inom elodeiderna och flytbladsväxterna visade en varierad respons. Preferenserna kunde användas för att utveckla preliminära makrofytbaserade indikatorvärden. Dessa avvek från de befintliga engelska indikatorvärden som för närvarande används i Sverige. Både makrofytvegetationen, biogeokemin och markanvändningen har genomgått stora förändringar mellan 1930-talet – 2005. Generellt ändrades mellan 1930 – 2005 enbart antalet flytbladsväxter. Skillnaderna i makrofytabundansen visade sig dock främst mellan regionerna. Sjöarna i Norrbotten hade under 1930-talet ett större antal isoetider jämfört med Uppland, medan de uppländska sjöarna hade ett större antal lemnider. Skillnaderna mellan regionerna förstärktes mellan 1930 – 2005 och kan förklaras med ökade näringshalter i allmänhet och ökade tot-N halter i synnerhet. Näringshalterna (främst tot-N, men även tot-Na och konduktivitet) ökade både i Uppland och Norrbotten och förklarades med bl.a. ökad kvävedeposition och ökad användning av hushålls- och vägsalt. Tot-P halter förändrades inte signifikant mellan 1930 – 2005 men visade en koppling till respektive avrinningsområdets markanvändning, t.ex. avstånd till närmaste tätort. Makrofytabundans och sjöarnas biogeokemi påverkades av markanvändningen inom sjöarnas avrinningsområden och inom 1-km breda buffertzoner kring sjöarna. Anmärkningsvärt är det positiva sambandet mellan dikeslängd samt areal jordbruksmark och makrofytarter som föredrar näringsrika förhållanden. Makrofytabundans kunde förklaras med en kombination av markanvändning och sjöarnas biogeokemi. Den ökade hyggesarean under den studerade tidsperioden ledde antagligen till en minskning av arter som föredrar bl.a. näringsfattiga förhållanden och låga TOC-halter. Korrelationerna mellan näringsämnenas och spårmetallernas fraktionering tyder på att det antagligen är den biotillgängliga delen av ämnena som antagligen styr abundansen bland lemniderna. Resultaten visar effekterna av markanvändningen och dess förändring på både makrofyterna och biogeokemin. Resultaten borde anses som ett första steg för att bättre förstå kopplingen mellan markanvändning, makrofyter och biogeokemin.