Inventeringen år 2000 omfattade ca 3400 sjöar och 700 vattendrag. I huvudsak provtogs samma objekt som vid riksinventeringen 1995. Prover för vattenkemi togs i alla objekt, medan bottenfaunaprover togs i alla vattendrag och i en tredjedel av sjöarna. Inventeringen bidrar med underlag för uppföljning av fyra av Sveriges miljömål; levande sjöar och vattendrag, bara naturlig försurning, ingen eutrofiering och giftfri miljö (spårmetaller). Vid sammanställningen av resultaten från riksinventeringen 2000 är det lockande att jämföra resultatet från riksinventeringen 1995, men man bör komma ihåg att inventeringar ger ögonblicksbild och att skillnader kan bero på en mängd andra miljöfaktorer än just föroreningsläget. Miljödata visar normalt en mellanårsvariation som beror på flera olika faktorer (t.ex. variationer i klimat) och det är därför vanligt att mätvärden skiljer mellan olika mättillfällen. Hösten 2000 kännetecknades av en ovanligt hög nederbörd som medförde höga vattenstånd och flöden. Västra Götalands län, Värmlands län, Örebro län och Västmanlands län drabbades extra hårt och som följd av de extrema väderleksförhållandena saknas till exempel från Örebro län samtliga bottenfaunaprover utom ett i riksinventeringen 2000. Utgående från Naturvårdsverkets Bedömningsgrunder för miljökvalitet beskrivs tillstånd och påverkan (avvikelse från jämförvärde. Med hjälp av en ny digitaliserad karta (GSD 1:100 000) kunde mer områdesspecifika uppgifter erhållas. Dessutom inkluderades områden som tidigare saknades, som t.ex. fjälltrakterna. Provtagningarna genomfördes väl trots höga vattenstånd och andra väderproblem. Alla bestämningar har gjorts vid Inst. för miljöanalys vid SLU, utom aluminiumfraktioner som bestämdes av ITM, Stockholms universitet.