Delprogrammet ”Makrofauna mjukbotten, trend- och områdesövervakning” startade isin nuvarande form år 2003 och är indelat i tre undersökningsområden; Bottniska viken,egentliga Östersjön och Västerhavet. Provtagning av mjukbottenfauna i dessa områdenhar dock pågått under en längre tid, för vissa lokaler från 70-talet och framåt. Syftetmed delprogrammet är att påvisa långtidsförändringar orsakade av i första handövergödning och syrebrist. Mjukbottenfauna som kan ha livscykler som sträcker sigöver flera år är mycket känslig för belastning av organiskt material, metaller ochmiljögifter (Pearson & Rosenberg 1978). Detta medför att analys avbottenfaunasamhällen är ett mycket användbart miljöövervakningsinstrument(Temanumret av Australian journal of Ecology 1993 som handlar om miljöövervakningi marin miljö). Bottenfaunan är relativt stationär men dess artsammansättning ärberoende av bottenmiljön och då särskilt av sedimentförhållandena. För en snabbnedbrytning av organiska partiklar krävs syre varför en hög organisk belastning kan ledatill syrebrist som i sin tur kan orsaka en försämrad miljö i sedimentet. Även urmiljögiftsynpunkt har bottenfaunan ett känsligt läge eftersom många miljögifterackumuleras i sedimentet bundet till organiskt material eller genom adsorption tilllermineral.