Staten äger fastigheten Gotland Eksta Stora Karlsö 1:5. Naturvårdsverket (NV) förvaltar marken och fyra byggnader på fyrplatsen, Fyrmästarbostaden, Fyrbiträdebostaden, Mistmaskinhuset samt Förrådslängan. Hela fyrplatsen blev statligt byggnadsminne 1978. Det kombinerade Fyr och bostadshuset förvaltas av Sjöfartsverket (SjöV) och omfattas av ett separat vårdprogram. Länsstyrelsen på Gotland sköter genom ett uppdragsavtal fastighetsförvaltningen åt NV.  

Vårdprogrammet omfattar en kulturhistorisk värdebeskrivning, historik och nulägesbeskrivning samt mål och strategier för bevarande och utveckling. Programmet är också värdefullt som diskussions- och beslutsunderlag vid tillståndsprövning av ändringsförslag. I vardagen är det ett praktiskt styrdokument för alla som är verksamma med den dagliga förvaltningen av byggnadsminnet.

På uppdrag av Hanna Lundkvist (NV) har vårdprogrammet utarbetats av arkitekt Daniel Heilborn, Länsstyrelsen på Gotland, Naturvårdsenheten. Från Sjöfartsverket har Emma Wegrell medverkat. Riksantikvarieämbetet har deltagit vid samråd om vårdprogrammet.

Inventering och dokumentation av fyrplatsen på St Karlsö har utförts under sommaren och hösten 2021. Vårdprogrammet färdigställdes under våren 2022.