Publications
Change search
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Etablering av bibliotek av DNA-streckkoder från svenska gördelmaskar (Annelida)
Executive, Universitet, Göteborgs universitet.
Executive, Universitet, Göteborgs universitet.
Executive, Universitet, Göteborgs universitet.
2023 (Swedish)Report (Other academic)
Abstract [sv]

Tillämpningen av molekylära (DNA-baserade) metoder blir allt vanligare inom miljöforskning och miljöövervakning. Sekvenser av särskilda DNA-markörer (s.k. streckkoder) kan användas för identifiering av arter, och t.o.m. organismernas DNA-spår i naturen (s.k. miljö-DNA) kan vara tillräckliga för att avslöja vilka arter som lever tillsammans i en viss miljö. För att detta ska fungera krävs dock referenssekvenser. Någon måste först ha analyserat den specifika DNA-profilen för varje art. Att få alla svenska arter bestämda på detta sätt kommer att ta lång tid, men i vårt projekt har vi fokuserat på gördelmaskar (Clitellata, en klass bland ringmaskarna), som vi har relevant kunskap för. I djurgruppen ingår de ikoniska daggmaskarna, men också hundratals mindre arter. Gördelmaskar har viktiga funktioner i framför allt nedbrytningen av organiskt material. Syftet med projektet har varit att sammanställa virtuella bibliotek av DNA-streckkoder (av fyra olika genmarkörer: COI, 16S, ITS2 och H3) för så många arter som möjligt inom vårt närområde, och de har vi nu laddat upp på den internationella databasen GenBank. Till grund för studien låg DNA-prov från ca 21 000, främst svenska och norska, individer, och eftersom streckkoderna varierar både inom (mindre variation) och mellan arter (större variation), kunde vi gruppera arterna ganska väl i olika kluster, som till slut visade sig motsvara vad vi tror är 602 skilda arter. Markörerna ITS och H3 varierar mindre än COI och 16S, men ger bättre information om genflöde inom arterna, och är därför ett bra komplement för att vi ska kunna göra mer korrekt avgränsningav arterna. Totalt 15 237 streckkoder (6 168 COI; 3 604 16S; 2 870 ITS; 2 595 H3)laddades upp på GenBank, från ett slutligt urval av 6 175 individer.

Taxonomin för våra gördelmaskar är dock långt ifrån fullt utredd, och även om vi nu med våra streckkoders hjälp kan identifiera 602 potentiella arter, kan vi inte idag med säkerhet säga att alla dessa är verkliga arter. Ett stort problem är att många morfologiskt definierade arter i själva verket är artkomplex; inom ett sådant komplex ser alla arterna i princip likadana ut, och de kan bara skiljas åt genetiskt, d.v.s. med hjälp av deras DNA. Många av arterna är också nya för vetenskapen, och några har vi inte ens kunna kunnat jämföra med tidigare beskrivna arter, eftersom de inte varit könsmogna och därför saknar viktiga morfologiska kännetecken. Vi har således ej vetenskapliga artnamn för en stor del av den skandinaviska faunan, Här återstår mycket att göra för taxonomerna. Men vi kan i alla fall nu med DNAteknikens och vårt referensbiblioteks hjälp ändå mycket lätt placera in en förekomst av en gördelmask i rätt ”provisorisk” art.

Projektet har lärt oss mycket om den taxonomiska och genetiska komplexiteten hos vår djurgrupp, och vår slutsats är att arbetet med denna referensdatabas, liksom liknande sådana för andra organismgrupper, måste fortsätta. På sikt kan det betyda mycket för övervakningen av artdiversiteten i en till synes allt mer föränderlig värld. Vi rekommendera därför Naturvårdsverket att:

  1. ... fortsätta att stödja utvecklingen av referensdatabaser för artspecifika streckkoder, och att avsätta resurser för kontinuerlig uppdatering av de som redan etablerats.
  2.  ... låta taxonomisk forskning, som tidigare ofta uppfattats som strikt nyfikenhetsbaserad grundforskning, också få ta plats inom de mer tillämpade delarna av biologin, som t.ex. miljöforskning och miljöövervakning.
  3. ... verka för att initiativ som syftar till att koppla samman validerade streckkodsbibliotek över landgränserna i Europa får uppmuntran och stöd.
Place, publisher, year, edition, pages
Stockholm: Naturvårdsverket, 2023. , p. 98
Series
Rapport / Naturvårdsverket, ISSN 0282-7298 ; 7097
National Category
Environmental Sciences
Identifiers
URN: urn:nbn:se:naturvardsverket:diva-10491ISBN: 978-91-620-7097-7 (print)OAI: oai:DiVA.org:naturvardsverket-10491DiVA, id: diva2:1742860
Available from: 2023-03-13 Created: 2023-03-13 Last updated: 2023-03-13Bibliographically approved

Open Access in DiVA

fulltext(4357 kB)86 downloads
File information
File name FULLTEXT01.pdfFile size 4357 kBChecksum SHA-512
cb3cb68fee587c47f67ad5af16cfb7598ca7cb277e0fa9799b675d025e256a44426803f708057eb8f9ee3b2f7b3a0ddb11020365f8a9535b0fdf0c5b7f2648b1
Type fulltextMimetype application/pdf

By organisation
Göteborgs universitet
Environmental Sciences

Search outside of DiVA

GoogleGoogle Scholar
Total: 86 downloads
The number of downloads is the sum of all downloads of full texts. It may include eg previous versions that are now no longer available

isbn
urn-nbn

Altmetric score

isbn
urn-nbn
Total: 138 hits
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf