Rapporten konstaterar att reformprocessen ur ett miljöperspektiv gått i rätt riktning och relativt snabbt. När det gäller att uppnå positiva eller förbättrade miljöeffekter har riktade ersättningar inom landsbygdsprogrammen, som är en del av jordbrukspolitiken (pelare 2), visat sig överlägsna. Huvuddelen av jordbrukspolitikens budget går dock till generella stöd som inte kan riktas (pelare 1), och som därför är trögmanövrerade och har lägre miljöeffektivitet. Miljönyttan kan öka om mer av budgeten består av riktade stöd. Dock är riktade stöd inte alltid det mest kostnadseffektiva, då de har en betydligt högre administrativ prislapp. I rapporterna har ofta konflikter mellan olika miljömål framkommit, och det har visat sig vara nödvändigt att belysa effekter på flera miljömål samtidigt. Sambanden är komplexa, miljöpåverkan som flyttas till andra länder kan behöva inkluderas och det är mycket annat än jordbrukspolitiken som styr jordbrukarnas handlande. Jordbrukspolitikens ersättningar är nödvändiga för att nå vissa av miljömålen. Jordbruksproduktion i sig innebär alltid miljöpåverkan och jordbruksarealens storlek ger direkt genomslag på jordbrukets påverkan. Strukturomvandling, bristande lönsamhet och hittills genomförda politiska reformer har lett till att det odlas mindre areal i Sverige, och då förändras påverkan från jordbruk. Dels minskar belastningen på miljön från användning av växtnäring, växtskydd och energi. Dels minskar också den positiva påverkan på naturoch kulturmiljövärden som det innebär att hävda betesmarker. Politiken har i Sverige givit både positiva och negativa miljöeffekter. På senare år är den negativa effekten oftast kopplad till att politiken inte förmått upprätthålla de positiva miljöeffekter som skapas av jordbruk (t ex djur som håller betesmarker öppna). Däremot har jordbrukspolitiken på senare år inte inneburit någon tydlig negativ miljöpåverkan, exempelvis genom ökat näringsläckage. Med minskad styrning av produktionen via jordbrukspolitiken ökar behovet av att följa hur marknaden och andra faktorer styr jordbruksproduktionen och dess miljöeffekter. Detta för att bedöma vilka behov som finns av framtida miljöstyrningsinstrument. Möjligheten att styra miljöeffekterna avgörs både av tillgång på finansiella medel och av brukarnas vilja att teckna sig för åtaganden kring anpassning av gårdens drift. För att skapa möjligheter för att göra långsiktiga investeringar i t.ex. djurstallar krävs att politiken präglas av tydlighet och kontinuitet. En fortsatt utveckling av jordbruket med intensifiering och ökad produktivitet i slättbygderna och nedläggning i skogs- och mellanbygd kan förväntas öka kostnaderna för att enomföra miljöförbättrande åtgärder och uppnå positiva miljöeffekter. I produktiva områden kan det behövas högre ersättningsnivåer till miljöförbättrande åtgärder för att kompensera för det större intäktsbortfallet på grund av den potentiellt höjda avkastningen. I områden med lägre produktivitet driver i stället brist på brukare behovet av högre ersättningar, för att skapa incitament att alls bruka markerna. För att nyttja möjligheterna i jordbrukspolitiken är det nödvändigt att förstå trender och problem och att kunna anpassa och påverka utformningen nationellt så att bästa miljöeffektivitet kan uppnås.