I september 2009 genomförde Sveriges Vattenekologer AB, på uppdrag av Länsstyrelsen i Stockholm, en vegetationsinventering och ett yngelprovfiske i Järflotta naturreservat. I denna rapport presenteras resultaten av inventering och provfiske samt följande statistiska modelleringar och kartprediktioner över sannolik vegetationsutbredning i området. I rapporten finns även en sammanfattande naturvärdesbedömning av undersökningsområdet. Syftet med den marinbiologiska undersökningen var att beskriva bottensamhällen och fiskyngelförekomst samt göra en bedömning av de marina naturvärdena m a p grunda vegetationsklädda bottnar. Fältundersökningen inkluderade linjetaxering på tio dyktransekter samt yngelprovfiske på 12 lokaler. Vegetationsmodelleringen gav mycket starka modeller (ROC-värde 0,90 - 1,0), vilket innebär att modellerna med hög sannolikhet kan prediktera förekomst av vegetation i området. Substrat och djup visade sig vara de viktigaste variablerna som förklarar vegetationens utbredning i undersökningsområdet. De vegetationsklädda bottnarna hade artrika växtsamhällen. I makroalgssamhällena förekom arter som är karaktäristiska för rena ytterskärgårdsområden och kärlväxtsamhällena inkluderade täta ålgräsängar(Zostera marina). En rödlistad kransalg, raggsträfse (Chara horrida) observerades. Blåstången (Fucus vesiculosus) hade stor djuputbredning (största djup 9,1 m) i området. Undersökningsområdet täcker in ytter-, mellan- och innerskärgård, vilket innebär att olika bottentyper och vågexponeringsgrader bidrar till en varierande artsammansättning i bottensamhällena. Den frodiga vegetationen på de grunda bottnarna, framförallt blåstångsbältena och ålgräsängarna, utgör viktiga habitat och födosöksområden för kräftdjur, snäckor och fiskar. Grundområden är för de flesta fiskar viktiga som uppväxtlokaler. Skrubbskäddsyngel (Platichthys flesus) var relativt vanliga på grunda sand- och grusbottnar medan piggvarsyngel (Psetta maxima) var sällsynta. Det var relativt god förekomst av gäddyngel (Esox lucius) men mycket få abborryngel (Perca fluviatilis) och cyprinider saknades helt. Sammantaget bedöms undersökningsområdet i Järflotta naturreservat ha ett mycket högt naturvärde. Bottenvegetationen var generellt artrik och inkluderade kraftiga blåstångsbälten och täta ålgräsängar med stor djuputbredning samt även en rödlistad kransalg. Bottenvegetationen bedömdes ha hög ekologisk status enligt Naturvårdsverkets bedömningsgrunder. Resultaten från yngelprovfisket visade liten förekomst av piggvarsyngel och antydde rekryteringsstörningar hos abborre i området. En tämligen god fångst av gäddyngel var därmed extra positivt.