I augusti 2009 genomförde Sveriges Vattenekologer AB, på uppdrag av Länsstyrelsen i Stockholms län, en vegetationsinventering och ett yngelprovfiske i naturreservaten Nämdö och Lilla Husarn. I denna rapport presenteras resultaten av inventering och provfiske samt följande statistiska modelleringar och kartprediktioner över sannolik vegetationsutbredning i området. I rapporten finns även en sammanfattande naturvärdesbedömning av undersökningsområdet. Syftet med den marinbiologiska undersökningen var att beskriva bottensamhällen och fiskyngelförekomst samt göra en bedömning av de marina naturvärdena med avseende på grunda vegetationsklädda bottnar. Fältundersökningen inkluderade linjetaxering på sex dyktransekter samt ett sprängprovfiske i tre vikar. I vegetationsmodelleringen testades fyra prediktorsvariablers (vågexponering, substrat, lutning och djup) förmåga att förklara vegetationens utbredning i undersökningsområdet. Djup och substrat var de variabler som bidrog med mest till modellernas förklaringsgrad. Vegetationsmodelleringen gav mycket starka modeller (ROC-värde 0,88 - 1,0), vilket innebär att modellerna med hög sannolikhet kan prediktera förekomst av vegetation i området. Vegetationen i bottensamhällena bestod av förväntade arter. Ett litet bestånd av hybrider mellan gräsnate (Potamogeton gramineus) och ålnate (P. perfoliatus), var emellertid ett oväntat fynd i området eftersom de vanligen förekommer i mer sötvattenspåverkade miljöer. Blåstångens (Fucus vesiculosus) djuputbredning (största djup 6,8 m) var jämförbar med andra liknande områden i Stockholms län. Undersökningsområdet har likartad vågexponering i stora delar och bottnarna utgörs av hårdbottnar, eller mosaikbottnar där hårdbottnar ingår, vilket bidrar till liknade artsammansättning i reservatens bottensamhällen. Den frodiga vegetationen på de grunda bottnarna, framförallt blåstångsbältena, utgör viktiga habitat och födosöksområden för kräftdjur, snäckor och fiskar. Grundområden är för de flesta fiskar viktiga som uppväxtlokaler. I de tre grunda vikar som provfiskades fångades emellertid inga årsyngel av gädda (Esox lucius), abborre (Perca fluviatilis) och cyprinider (t.ex. mört (Rutilus rutilus), löja (Alburnus alburnus), braxen(Abramis brama)). Sammantaget bedöms undersökningsområdet i naturreservaten Nämdö och Lilla Husarn ha ett högt naturvärde. Vegetationen på de grunda bottnarna bestod av förväntade arter med tanke på vågexponering och läge i skärgården. Vegetationens djuputbredning i området är jämförbar med andra områden och den ekologiska statusen av växtsamhällen bedömdes vara hög enligt Naturvårdsverkets bedömningsgrunder. Resultaten från yngelprovfisket antydde emellertid rekryteringsstörningar hos varmvattengynnade arter som abborre och gädda i området.