Länsstyrelsens miljövårdsenhet och miljö- och hälsoskyddskontoret i Nynäshamns kommun utförde under 1987 vattenkemiska undersökningar i Fitunaån och Lillån-Muskån i ett större antal punkter än de som då ingick i pågående recipientkontroll. Från och med 1989 har Tekniska kontoret utfört en utökad recipientkontroll i dessa åar. Provtagning i Fitunaåns mynning sker även inom Himmerfjärdsundersökningen, som utförs av Institutionen för Systemekologi, Stockholms universitet, på uppdrag av bl a Himmerfjärdsverket. Miljö- och hälsoskyddskontoret sammanställde 1988 en förteckning över kända punktkällor inom Fitunaåns avrinningsområde. Bestämningar av avrinningsområdets yta och markanvändning har gjorts av länsstyrelsens miljövårdsenhet. Där har även denna utvärdering av provtagningarna under perioden 1987-1990 gjorts. 1988 gjordes en undersökning av bottenfaunan i havsöringsförande bäckar i Stockholms län, i denna ingick Fitunaån (Lingdell och Engblom 1989).