Under sommaren 2018 genomförde Sveriges Vattenekologer AB och Marine Monitoring AB marina inventeringar i vattnen kring Flakskär i Blekinge skärgård. Inventeringarna är en del av Länsstyrelsens arbete med att etablera ett nätverk av marina miljöer som är värdefulla och representativa för länet och som har ett fungerande skydd.Uppdraget gällde en översiktlig inventering med syfte att kartlägga naturvärden i vattnen kring Flakskär och omfattade både dyk- och dropvideoinventering. I undersökningsområdet dykinventerades en yta på totalt ca 8900 m2 ned till 15,7 m djup samt dropvideoinventerades 100 punkter mellan 2,5–26 djup.I undersökningsområdet dominerade hårdbottnar ned till ca 9 m djup, därefter var mjuk- eller sandbottnar vanligare. Hårdbottnarna täcktes generellt av ett rödalgssamhälle dominerat av kräkel (Furcellaria lumbricalis) och fjäderslick (Polysiphonia fucoides) upp till ca 3 m djup. På grundare bottnar ökade andelen ullsläke (Ceramium tenuicorne) och ett tångbälte tillkom. Tångbältet bestod av både blåstång (Fucus vesiculosus) och sågtång (F. serratus) och hade sin största yttäckning ned till 2 m djup. Mjukbottenväxtligheten dominerades av ålgräs (Zostera marina) men även borstnate (Stuckenia pectinata) och hårsärv (Zannichellia palustris) var vanliga.Andra inventeringar i Blekinge skärgård visar på liknande artsammansättning och djuputbredning. Fler taxa har noterats totalt i de andra undersökningarna men då har också betydligt fler transekter inventerats och skillnaderna i artsammansättning kan delvis förklaras av en snäv vågexponeringsgrad inom undersökningsområdet.Djuputbredningen av referensarterna för bedömning av ekologisk status indikerar hög status för undersökningsområdet år 2018. I undersökningsområdet noterades dock både sågtång och blåstång nästan 2 m grundare jämfört med den djupaste observationen under åren 2010–2017. Även blåstångbältets djuputbredning (minst 25 % yttäckning) är mindre i jämförelse med andra undersökningar i typområde 8. Djuputbredningen av övriga referensarter samt ålgräs i undersökningsområdet däremot stämmer relativt väl med tidigare undersökningar i området. Ålgräsängar med minst 25 respektive minst 75 % yttäckning noterades till och med något djupare än tidigare.Inventeringarna visar även på höga naturvärden, i form av täta växtsamhällen av kärlväxter och fleråriga alger, i undersökningsområdet, framförallt på bottnar grundare än 10 m. Hårdbottnarna hyser frodiga tångbälten ned till ca 3 m djup och därefter rödalgsamhällen med hög andel fleråriga arter bland annat den grövre algen kräkel ned till ca 10 m djup. På mjuk- och sandbottnarna kan ålgräsängar och ängar av blandande kärlväxter förekomma ned till drygt 6 m djup. Blåmusselbankarna verkar däremot vara få och ha låg täthet av musslor.Den direkta antropogena påverkan i undersökningsområdet uppskattas som liten. Det är ett oexploaterat område utan större farleder. Ankring är sannolikt ett av de större hoten mot naturvärdena eftersom de fritidsbåtar som nyttjar naturhamnar i området sannolikt söker sig till de få vågskyddade vikarna och de lite mindre exponerade nordsidorna på de yttre skären. Ankring sker då på de sand- och mjukbottnar som hyser höga naturvärden i form av täta kärlväxtängar. Indirekt antropogen påverkan på området är framförallt övergödning, vilket kan leda till grumligare vatten och mindre djuputbredning samt fler fintrådiga epifyter som kväver/skuggar tång- och kärlväxtsamhällena.