Våtmarksinventeringen är en landsomfattande inventering av Sveriges våtmarker. Syftet är bl a att erhålla en naturvärdesbedömning på landets alla större våtmarker. Den samlade kunskapsbasen skall utgöra ett underlag för prövning av ärenden som berör våtmarker. Inventeringen inleddes 1981 av Naturvårdsverket, på uppdrag av regeringen. För Norrbottens län startade våtmarksinventeringen 1995. I Norrbotten finns ca 2 miljoner ha våtmark, vilket utgör en tredjedel av Sveriges våtmarksareal. För att möjliggöra en inventering av länets stora arealer har det varit nödvändigt att utveckla en GIS-baserad inventeringsmetodik som bygger på den nationella inventeringsmetodiken. Den metodik som utvecklats i Norrbotten har möjliggjorts tack vare tillgången till en länstäckande vegetationskarta i digital form. Genom att använda GIS har insamlandet av data blivit effektivare och tillgängligheten till resultatet har ökat. Inventeringen avslutades 2004 med färdigställandet av denna rapport.

Alla våtmarker nedanför fjällregionen, med en areal om minst 50 ha, har inventerats. Totalt har 5343 våtmarksobjekt inventerats med en sammanlagd våtmarksareal på ca 1,5 miljoner ha. En naturvärdesbedömning har gjorts för varje objekt. Varje objekt har bedömts objektivt utifrån definierade naturvärdeskriterier såsom storlek, mångformighet, orördhet och representativitet. Av de objekt som förts till naturvärdesklass 1 har de flesta inventerats i fält. Totalt har 558 våtmarksobjekt med en samlad areal på ca 650 000 ha har fältinventerats. Beskrivningar med artlistor har gjorts på drygt 10 000 växtsamhällen, vilket resulterat i 110 675 kärlväxtnoteringar fördelade på 525 arter, 56 460 mossnoteringar fördelade på 299 arter, samt 3 943 fågelobservationer fördelade på 146 arter. Flera nya arter för länet har upptäckts under fältinventeringen. De arter som noterats flest antal gånger är rosling Andromeda polifolia, blek skedmossa Calliergon stramineum och ängspiplärka Anthus pratensis.

Våtmarkstypernas fördelning i länet skiljer sig markant mellan de olika naturgeografiska regionerna. Som exempel kan nämnas att sumpskogarna är betydligt vanligare i länets sydöstra delar, medan blandmyrarna är vanligare i de norra och västra delarna. Många av Norrbottens våtmarker är förhållandevis opåverkade och hyser därmed naturliga ekosystem som har utvecklats sedan den senaste istiden. I länet finns fortfarande stora sammanhängande myrmarker som inte är fragmenterade av vägar. Norrbottens stora och orörda strängflarkmyrar är unika i Europa, likaså palsmyrarna. Norrbotten är det län som har störst järnockraförekomst vilket ger upphov till en speciell myrtyp som hyser en mycket speciell flora. Vid kusten sker en kontinuerlig bildning av nya våtmarker då vikar och fjärdar avsnörs från havet på grund av landhöjningen.

Våtmarkerna har varit av stor betydelse för den äldre lanthushållningen och för koloniseringen av Norrlands inland. I dag har många våtmarker höga kulturhistoriska värden som vittnar om alla de verksamheter som förekom för en inte allt för länge sedan svunnen tid. Man kan se spår av till exempel lador, hässjor, spänger, dammar, sildiken och myrodlingar. Vid våtmarksinventeringen har kulturhistoriska spår registrerats. Spår efter slåtter har registrerats på 832 av inventeringens totalt 5 343 objekt.

De största hoten mot Norrbottens våtmarker kommer från dikning, skogsbruk och vägbyggen. I länet är myrarna generellt mer orörda ju längre mot inlandet man kommer. Vid kusten och längs älvdalarna där befolkningstätheten är högre har också våtmarkernas utnyttjande varit högre genom tiderna. Av de inventerade objekten är 1 272 hydrologiskt opåverkade våtmarker. 3 322 objekt är lokalt hydrologiskt påverkade. Det innebär att upp till ca 25% av arealen har ett hydrologiskt ingrepp. 587 objekt är starkt hydrologiskt påverkade av ingrepp. Denna grupp utgör inventeringens klass 3 och klass 4 objekt.