Under perioden 14 juli till 8 augusti 2016 genomfördes elfiskeundersökningar på 66 lokaler i vattensystem inom och i nära anslutning till Jönköpings län. Vid inledningen av elfiskeundersökningen var det generellt låga flöden i västra delen av länet medan de östra delarna hade mer extremt låga flöden där vissa lokaler nästan var helt uttorkade. Sammantaget var flödesförhållandet och temperaturer sådana att elfisket kunde genomföras utan problem då låga flöden rent tekniskt underlättar undersökningarna. Under år 2016 fångades sammanlagt 12 fiskarter samt signal- och flodkräfta. Antalet arter för respektive lokal varierade mellan 1-7 med ett medelvärde på 2,98 arter vilket är något lägre än det som fångades föregående 3-årsperiod. Öring är liksom föregående år vanligast förekommande fiskart som fångades på 89 % av lokalerna. Den tydligaste nettoförändringen i artförekomst sedan närmast föregående elfisketillfälle på samma lokal, är att signalkräfta tillkommit samt att öring och abborre försvunnit. Liksom tidigare år är öringtätheterna högst i Motala ströms vattensystem där det finns sjövandrande bestånd från Vättern. Medeltätheten av öringårsungar var ovanligt hög under 2016 då den uppgick till drygt 65 öringungar per 100 m2. Även Emåns och Lagans vattensystem hade relativt höga tätheter medan övriga Nissans visade på normala tätheter. Ökningen av öringungar och äldre öring är statistiskt säkerställd på länsnivå och i Motala ströms vattensystem i jämförelse med närmast föregående elfisketillfälle samt med perioden 2005-2015 i samma lokal. Sammantaget visar resultatet att tätheten av öringungar under 2016 var ovanligt höga och skiljer sig tydligt på länsnivå mot tidigare undersökningsår. En av orsakerna till detta bedöms vara kopplat till låga flöden som innebär att fisken ansamlas på mindre vattentäckta arealer samt att äldre individer migrerar bort till djupare områden vilket minskar inomartskonkurrensen. Försurningspåverkan som främst baseras på förekomsten av försurningskänsliga årsungar av fiskar och kräftor, bedöms sammantaget vara låg i länet, då samtliga lokalerna definieras vara opåverkade eller ringa påverkade ur försurningssynpunkt. Ökad förekomst av öringungar är främsta orsaken till att flera av lokalernas försurningspåverkan bedömts att ha minskat sedan föregående undersökningstillfälle. Klassningen av den ekologiska statusen (VIX-index) visar att det är 50 lokaler (76 %) som når god eller hög status. I jämförelse med närmast föregående fiske i samma lokal är VIX-värdet signifikant högre på länsnivå och i Motala ströms vattensystem. Analysen av VIX visar att det finns brister i klassningen då indexet främst används för lokaler som har bestånd av sjövandrande öring samt i lokaler nära dammlägen. Länsstyrelsens sammanvägda ekologiska statusklassning tar hänsyn till förekommande brister som innebar att totalt 12 av lokalerna fick en högre och 10 en lägre statusklassning än vad enbart årets VIX-klassning påvisar. Justeringen av den ekologiska statusen baseras främst på tidigare års VIX-värden, trender i VIXklassningen, extrema flödesförhållanden, närhet till dammar och eventuella brister på lokalen med avseende på öringens habitatpreferens.