Flera av de miljömål som riksdagen antagit syftar bland annat till att bevara den biologiska mångfalden och därmed indirekt behålla den ekologiska balansen som vårt samhälle är beroende av. I miljömålsarbetet använder man indikatorer för att kunna följa upp hur miljömålen uppnås. De idag mest utvecklade indikatorerna för uppföljning av biologisk mångfald baseras på svensk fågeltaxerings standardrutter. Dessa rutter inventeras främst av ideella fågelkunniga människor och inventeringarna ingår även i Länsstyrelsens miljöövervakning sedan 2002. Miljöövervakningen har således nu pågått i sex år, vilket är en kort tid för att upptäcka eventuella trender. Det är ändå tillräckligt lång tid för att göra en initial analys av de inventeringar som gjorts 2002-2007, men det är för tidigt att dra säkra slutsatser. Analysen fokuserar på uppföljningen av miljömålen Levande skogar och Ett rikt odlingslandskap. Dessutom studeras länets två landskapsfåglar, taltrasten och tranan, på lite närmare håll.Sammantaget visar indikatorerna för miljömålet Levande skogar på ganska små förändringar under den senaste sexårsperioden, både på länsnivån, östra Götalandsnivå (Jönköpings, Gotlands, Östergötlands, Kronobergs och Kalmar län) och nationell nivå. Det enda tecknet på att situationen för den biologiska mångfalden förbättrats i skogen, återfinns för arterna utvalda att representera mångfald inom gammal skog. I övrigt finns inte många positiva tecken vare sig inom länet eller sett över större områden, såvida inte det goda året 2007 visar på en inledande positiv trend.För den analyserade perioden uppvisar alla tre indikatorerna för Ett rikt odlingslandskap en svag nedgång under större delen av perioden, men 2007 vänder liksom för skogen, flera kurvor uppåt. Motsvarande siffror för östra Götaland och hela landet pekar i samma riktning. Det ser dock inte ut som det, bortsett från 2007, går i en positiv riktning och sammantaget ser det ut att gå aningen sämre i Jönköpings län än i hela östra Götaland och i Sverige som helhet. För landskapsfåglarna ser det dock ut att gå tämligen bra. Tranan verkar öka, medan taltrasten ligger på stabil nivå.Utöver standardrutterna pågår en uppsjö av fågelövervakning i Jönköpings län. Allt är beroende av ideella insatser, men vissa saker bekostas delvis av Länsstyrelsen och ingår tillsammans med standardrutterna i Länsstyrelsens miljöövervakningsprogram. Exempel på sådan miljöövervakning är räkning av spelflygande örnar, uppföljning av skogshöns samt fågelrapportering. Den sistnämnda bygger i första hand på rapporter av rödlistade arter från Artportalen. Rapporterna används sedan de kvalitetsgranskats (av Regionala raritetskommitten) till exempel som planeringsunderlag vid exploateringar och skötsel av naturreservat samt för att hålla koll på förekomster av rödlistade och regionalt sällsynta svenska häckfågelarter. Fågelrapporteringen har tillsammans med inventeringen av spelflygnade örn exempelvis visat på den goda nyheten att 2007 blev ett historiskt bra år för häckande rovfåglar i Jönköpings län. För första gången dokumenteras säkert att havsörn och kungsörn häckar samma år i länet! Det går dock inte bra för alla arter och av länets uppskattningsvis 188 regelbundet häckande arter de senaste 100 åren har 11 stycken dött ut, till exempel pilgrimsfalk och dubbelbecksin. Andra arter har däremot samtidigt kommit till. Bara under perioden 2002-2007 etablerade sig råkan och gulhämplingen gjorde premiärentré som häckande art i länet.Standardrutterna är en mycket viktig beståndsdel av miljöövervakning och miljömålsuppföljning i Sverige och Jönköpings län idag och kommer sannolikt att bli ännu viktigare framöver. Detta understryks av att Naturvårdsverket satsar särskilt hårt på standardrutterna samtidigt som nya indikatorer för miljömålen Myllrande våtmarker, Ett rikt växt och djurliv samt Levande sjöar och vattendrag utvecklas 2008.