Den regionala miljöövervakningen av fladdermöss är en del av det gemensamma delprogrammet för fladdermöss (Länsstyrelsen, meddelande 2020:13). Från och med år 2021 deltar Gotland, Östergötland, Södermanland, Västernorrland, Västerbotten och Jönköpings län i det gemensamma delprogrammet. Övervakning av fladdermöss görs även inom den biogeografiska uppföljningen och i uppföljningen av Natura 2000-områden med arttillägg för tre av fyra utpekade arter: barbastell, dammfladdermus eller Bechsteins fladdermus .

Fladdermöss är lämpliga att övervaka för att upptäcka förändringar på landskapsnivå. Om arter försvinner från ett område kan det vara ett tecken på att deras livsmiljö har förändrats. Eftersom fladdermöss livnär sig på insekter kan förändringar i jord- och skogsbruk som leder till att insektsproduktionen minskar innebära att fladdermössen försvinner eller minskar kraftigt i ett område. Exempel på negativa förändringar är åtgärder som leder till att fuktiga och insektsrika skogsområden blir torrare, att artrika ängsmarker eller träd- och buskrika marker får en sämre kvalité eller minskar i utbredning. Brist på boplatser i form av avverkning av eller liten tillgång på hålträd samt renovering av hus och byggnader kan innebära att förutsättningarna minskar för fladdermössen att hitta boplatser.