Försurningen är Jönköpings läns största miljöproblem. Nedfallet av försurande svavel har minskat med två tredjedelar sedan mätningarna startade 1989. Trots att nedfallet har minskat har markvattenkemin inte förbättrats. På flera platser i länet visar mätningarna att försurningsgraden i markerna fortfarande ökar. För att motverka försurningen bedrivs en omfattande kalkning av sjöar och vattendrag. Under år 2003 utfördes kalkningen i stort sett som planerat. Nästan all våtmarkskalkning i länet sker numer med de mindre dammande produkterna grovkalk eller granuler. Mängden grovkalk 0 - 1 millimeter minskade under året till förmån för grovkalk 0,2 - 0,8 millimeter som dammar ännu mindre. Under 2003 spreds totalt cirka 15 500 ton kalk i länet, vilket är ungefär i samma nivå som de senaste åren. Kalkningarna i varje kommun utvärderas vart tredje år och efter utvärderingen revideras detaljplanerna. I enskilda åtgärdsområden har man kunnat sänka kalkdoserna under de senaste åren och i några sjöar har kalkningen kunnat avslutas på obestämd tid. Sänkningarna har inte har gett genomslag på den totala kalkförbrukningen i länet ännu. En orsak till det kan vara att man ökade kalkdoserna i några åtgärdsområden när man bytte från kalkstensmjöl till grovkalk på våtmarkerna. Efter några år med grovkalk ska man sänka doserna i dessa åtgärdsområden igen, när resultaten från den vattenkemiska effektuppföljningen visar att det är möjligt. Under året har ett omfattande arbete med biologisk återställning genomförts. Arbetet har följt 5-årsplanen för biologisk återställning. Tre fiskvägar har byggts, biotopvård har utförts på en sträcka och en rad återintroduktioner av mört, öring, elritsa och flodkräfta har utförts. Det har gjorts en översyn av arbetsordningen inom den biologiska återställningen i länet som ska underlätta det framtida arbetet. Under år 2002 - 2003 utfördes öringproduktionsberäkningar i Vätterns tillflöden. Beräkningarna visar vilka Vätterbäckar som har störst potential för öringproduktion om olika åtgärder, till exempel åtgärdande av vandringshinder, utförs. Med det här underlaget underlättas arbetet med att prioritera i vilka vattendrag man bör satsa på biologisk återställning. Ett stort arbete under 2003 var att ta fram en regional åtgärdsplan för kalkningsverksamheten i länet. Verksamheten anpassades till den nya handboken för kalkning och de nya föreskrifter och allmänna råd som kom under 2002. Arbetet med åtgärdsplanen innebar bland annat en översyn av samtliga motiv och målsättningar med verksamheten samt att ett nytt effektuppföljningsprogram togs fram. Vid översynen av målsättningarna infördes differentierade vattenkemiska pH-mål. Tidigare var pH-målet 6,0 överallt. Nu har varje målområde fått ett specifikt pH-mål, pH 5,6, 6,0 eller 6,3, som baseras på förekomst eller trolig tidigare förekomst av känsliga arter. Måluppfyllelsen för kalkningen är hög i länet. Under 2003 uppnåddes de nya vattenkemiska målsättningarna i 83 % av vattendragslängden och 94 % av sjöytan. Den biologiska effektuppföljningen omfattar elfiske-, bottenfauna-, nätprovfiske-, kräftprovfiske- och flodpärlmusslaundersökningar. De biologiska målsättningarna uppnåddes i 56 % av vattendragslängden och 86 % av sjöytan. Den låga biologiska måluppfyllelsen för vattendragen beror på att det rådde dåliga undersökningsförhållanden, det vill säga höga flöden, vid årets elfisken. De biologiska mål som inte var uppfyllda i sjöar omfattar till stor del de starkt hotade flodkräftbestånden.