För att följa upp effekterna av såväl kalkningen som de biologiska återställningsåtgärderna på fiskfaunan utförs regelbundna elfiskeundersökningar i många av de kalkade vattendragen. Det är framförallt öringbestånden man är intresserad av men även andra försurningskänsliga arter såsom elritsa är av intresse. 1999 elfiskades 76 lokaler i Jönköpings län enligt standardiserad elfiskemetod. 66 av lokalerna bedömdes ha en låg till måttlig påverkan av försurningen. 42 st av lokalerna bedömdes ha förväntade fisktätheter och bedömdes som opåverkade. De dominerande arterna var liksom tidigare år öring, elritsa och bergsimpa. Andre förekommande arter var abborre, benlöja, bäcknejonöga, bäckröding, gädda, mört, ål, signal- och flodkräfta. Öring fångades på 64 av de 76 lokalerna. Ingen lokal var fisktom.