Biotopkarteringen av Bruatorpsån utfördes av Länsstyrelsen Kalmar län under år 2001 och 2003, med Torsås kommun och till viss del Vägverket region sydöst som finansiärer. Med biotopkarteringar tas information fram som beskriver naturvärden i vattendrag och dess omgivningar. Med hjälp av underlaget från karteringen kan åtgärder föreslås för att förbättra de vattenanknutna naturvärdena. Exempel på åtgärder kan vara anläggning av vandringsvägar för fisk, biotoprestaurering av rensade vattendragssträckor, anläggande av skyddszoner och återskapande av våtmarker. Följande kännetecknade Bruatorpsån vid jämförelse med medelvärden för samtliga biotopkarterade vattensystem i Kalmar län: Påverkan i form av rensning och rätning var stor. Andelen dammar i Bruatorpsån var något mindre än genomsnittet för samtliga karterade vattendrag och fallhöjden vid artificiella vandringshinder för fisk utgjorde en liten andel av den totala fallhöjden inom vattensystemet. Täckningsgraden av vattenvegetation var måttlig. Beskuggningen av vattenytan i Bruatorpsån var mycket stor, men andelen död ved var liten. Andelen strömmande vatten var stor relativt genomsnittet för samtliga karterade vattendrag. Klassningen av uppväxtområdena och lekområdena för öring var låga. I Bruatorpsån var antalet vattenuttag och korsande vägar per kilometer vattendrag mycket stort. Gammelskog förekom ej. Andelen kalhyggen var relativt stor. Stor andel av närmiljön utgjordes av åker. Bruatorpsåns vattensystem hade en mycket stor andel artificiell mark i närmiljön. Andelen våtmarker var mycket liten. Den vattennära zonen var mycket liten och skuggningen av strandlinjen var måttlig. Andelen hävdad eller igenväxande öppen mark var tämligen liten. Skyddszonen mot onaturlig mark och den potentiella skyddszonen mot produktionsskog var något mindre än genomsnittet för samtliga karterade vattendrag.