Problemen för vattenlevande organismer i länet är främst kopplad till försurning, övergödning och vattenreglering. Försurningen börjar minska tack vare minskat nedfall av försurande ämnen (främst svavel) och kalkplaner kan anpassas till nya förhållanden. Vattenmiljöer som blivit påverkade fysiskt behöver ofta åtgärdas fysiskt för att lösa problemen, dessa åtgärder är det som oftast förknippas med biologisk återställning. Inom ramen för denna plan, behandlas i huvudsak försurning och fysisk påverkan av vattenmiljöerna och möjligheterna till åtgärda för att främja ett "fungerande ekosystem".