Vattendragsdelen i Naturvårdsverkets nationella effektuppföljningsprogram för kalkade vatten (IKEU-programmet), som startade 1989,omfattar för närvarande 12 kalkade vattendrag och 11 referensvattendrag fördelade på 5 geografiska regioner. I båda vattendragstyperna genomförs integrerade undersökningar med identiska undersökningsprogram som omfattar både vattenkemiska och biologiska undersökningar (bottenfauna och fisk). Programmets mål är att studera och analysera de långsiktiga effekterna av kalkning i försurade vatten och att bedöma om den svenska kalkningsverksamheten återskapar ekosystem med en artsammansättning, funktion och biologisk mångfald liknande situationen innan försurning. Uppföljningen görs också i syfte att kunna avgöra om kalkningsverksamheten leder till oönskade effekter i sjöar och vattendrag.