Under den första halvan av året uppvisade ytvattnet i båda bassängerna temperaturer som låg under eller mycket under medelvärdet för jämförelseperioden 1991–2000. Ytvattnet i Bottenviken uppvisar en mycket liten mellanårsvariation, bl.a. eftersom det fryser vid ~ -0,3 ºC . Som ett resultat av den varma sommaren steg temperaturerna i båda bassängerna under juli och augusti. Efter detta höll sig temperaturerna i ytvattnet över det normala till slutet på september. Året avslutades med att temperaturerna i ytvattnet sjönk till jämförelseperiodens värden eller något lägre under årets sista två månader. Som mest var temperaturen i båda bassängernas ytvatten ~6ºC högre än medeltemperaturen för perioden och den lägsta temperaturen i ytvattnet var ~2ºC under medelvärdet. För djupvattnet tenderar temperaturen generellt att vara något mer konstant än i ytan. Årstidsvariationen i Bottenhavets djupvattnet motsvarade 0,8ºC (max.-min.). Motsvarande årstidsvariation för Bottenviken var ~2ºC. För Bottenhavet låg temperaturen ca en standardavvikelse lägre än medelvärdet för perioden under hela året. I Bottenviken, däremot, var temperaturen i djupvattnet generellt högre än medelvärdet för perioden. Variationen var större än i Bottenhavet, dock inte större än en standardavvikelse från medelvärdet för perioden.