Åtgärdsprogrammet för bevarande av flodpärlmussla (Margaritifera margaritifera)är vägledande för berörda myndigheters och andra aktörers samordnade insatser för artens bevarande under åren 2005 – 2010. Därefter skall vidtagna åtgärder följas upp, resultatet utvärderas och programmet omprövas. Flodpärlmusslan är bedömd som sårbar i den svenska rödlistan och i Internationella Naturvårdsunionen (IUCN) ”Red list”. Den är också förtecknad i bilaga 2 till EU:s habitatdirektiv (92/43/EEG), vilket innebär att ett tillräckligt antal områden med förekomster av arten skall ingå i nätverket Natura 2000. Sedan år 1994 är arten är fredad. Flodpärlmusslan har gått kraftigt tillbaka i hela sitt utbredningsområde under 1900-talet. I centrala Europa beräknas antalet musselindivider ha minskat med 90 %. I Sverige har arten försvunnit från drygt en tredjedel av de vattendrag där den fanns i början av 1900-talet samtidigt som bestånden glesnat. Föryngring sker endast i en tredjedel av de ca 400 svenska vattendrag som fortfarande härbergerar flodpärlmussla. Trots tillbakagången utgör Sverige ett kärnområde för flodpärlmussla, vilket gör att vi har ett internationellt ansvar för artens långsiktiga överlevnad.Flodpärlmusslan lever i huvudsak ett stillasittande liv, ofta nedgrävd till 2/3 på bottnen av vattendrag med varierande storlek i både skogs- och jordbrukslandskap. Reproducerande bestånd kräver förekomst av värdfiskarna lax eller öring, ett permanent vattenflöde, relativt hög vattenhastighet och i de flesta fall ett klart, syrgasrikt, näringsfattigt och välbuffrat vatten med stabilt pH. Ett livskraftigt bestånd av flodpärlmussla är ett tecken på ett i många avseenden väl fungerande ekosystem med liten grad av antropogen påverkan. Generellt kan vattendrag med flodpärlmussla betraktas som skyddsvärda på grund av såväl artens förekomst som den indikation om en ringa påverkad miljö som dess närvaro ger. Mänskliga aktiviteter ligger bakom majoriteten av flodpärlmusslans kraftiga tillbakagång i hela dess utbredningsområde. I Sverige utgörs de största hoten av effekter från skogsbruk, försurning och vattenkrafts-/regleringsföretag. Skogsbruket bidrar bland annat till igenslamning av bottnar och habitatförsämringar. Försurningen hindrar rekryteringen medan vattenkrafts-/regleringsföretag liksom olika typer av dämmen eller felaktigt placerade vägtrummor hindrar värdfiskens spriding och leder följaktligen till fragmentering och utslagning av flodpärlmusselbestånd. Målet på lång sikt är att flodpärlmusslan skall finnas kvar i livskraftiga populationer i hela Sverige där de naturgivna förutsättningarna erbjuder det. För att uppnå detta ska enligt programmet åtgärder prioriteras för dels information och ökad kunskap i syfte att erhålla ökad hänsyn från de areella näringarna, dels bevarandeoch restaureringsåtgärder i de mest värdefulla lokalerna. Till övriga åtgärder som planeras hör inventering och övervakning av kända bestånd. Åtgärderna i syfte att bevara flodpärlmusslan utgör även en viktig del i arbetet med att nå miljökvalitetsmålet Levande sjöar och vattendrag.