Ett nytt samlande EG-direktiv för vatten antogs i december 2000. Tills nu har det funnits ett flertal EG-direktiv som rör vattenskyddet ur olika aspekter. Syftet med Ramdirektivet för vatten (ofta kallat "Vattendirektivet") är att göra skyddsarbetet för Europas vatten mer entydigt och kraftfullt. Naturvårdsverket har under de senaste åren ansvarat och drivit ett flertal projekt för att underlätta införandet av Ramdirektivet för vatten. Genomförandet av Ramdirektivet för vatten i Sverige innebär att många och skiftande arbetsmoment ska utföras under en relativt begränsad tid. Föreliggande dokument behandlar ett av de tidiga arbetsmomenten - karakteriseringen av sjöar och vattendrag - som utgör basen för det kommande arbetet med bedömning av ekologisk status, upprättande av miljömål, åtgärdsprogram och förvaltningsplaner. Vägledningen har utvecklats utifrån det nationella verktyget för naturvärdesbedömning "System Aqua" (Naturvårdsverket Rapport 5157) och anpassats till de krav som ställs enligt Ramdirektivet för vatten. Även om strukturen hos System Aqua har stora likheter med vad som ingår i karakteriseringsfasen för Ramdirektivet för vatten så var en revidering nödvändig för att erhålla en fullgod anpassning till direktivets krav. Bland annat saknades i System Aqua möjlighet att dela upp vattenobjekten i olika typer. Föreliggande vägledning för karakterisering av sjöar och vattendrag har tagits fram av Länsstyrelsen i Jönköping i samarbete med Fiskeriverkets Sötvattenslaboratorium i Drottningholm. I det uppdraget som Länsstyrelsen fick av Naturvårdsverket 2002 ingick det att först ta fram ett allmänt förslag till revision av System Aqua. Ett första förslag till ändring/revidering presenterades våren 2003. Naturvårdsverket ändrade sedan i juni 2003 uppdragets inriktning så att tyngdpunkten blev att ta fram en vägledning för karakterisering av sjöar och vattendrag i enlighet med Ramdirektivet för vatten med hjälp av grunderna i System Aqua. En revidering har utförts under vintern 2003/2004. I och med framtagandet av denna vägledning för karakterisering av sjöar och vattendrag så har även grunden för ett nytt naturvärderingssystem tagits fram. Ett fullt reviderat System Aqua kommer att, förutom karakterisering, även att omfatta bedömning av ekologisk status och värdering av skyddsvärde, samt speciella förhållanden. Det "nya" reviderade System Aqua (2004) föreslås innehålla följande delar: 1. Karakterisering (Identifiering, typindelning, avgränsning och påverkansbedömning)2. Klassning av naturlighet och ekologisk status3. Värdering av skyddsvärde (Naturvärde)4. Redovisning av speciella förhållanden Det nya System Aqua kommer således dels att utgöra ett instrument för karakterisering och statusklassning, och dels en ny bas för naturvärdesbedömning, av sjöar och vattendrag. För att erhålla ett flexibelt system som kan tillämpas på flera olika skalnivåer beroende på tillgången på data föreslås att man arbetar enligt en hierarkisk modell som omfattar 5 nivåer. Den hierarkiska strukturen för karakterisering och värdering föreslås omfatta följande nivåer: 1. Distrikt/region, 2. Huvudavrinningsområde, 3. Delavrinningsområde, 4. Vattendrags-segment/delområde och 5. Vattendragsträckor eller Sjöar.