Det saknas idag en standardiserad metodik för att övervaka fiskbestånd i djupa och breda vattendrag där konventionellt elfiske med vadning inte går att genomföra. I ett pilotprojekt har båtelfiske och hydroakustiska undersökningar (ekolodning)testats som metoder för övervakning av fiskbestånd i större vattendrag. De olika metoderna testades under olika miljöförhållanden i två olika vattendrag – Österdalälven (uppströms Älvdalen) och Svartån (vid Örebro). Österdalälven är ett näringsfattigt och snabbt strömmande vattendrag medan Svartån är ett näringsrikt och lugnflytande vattendrag. Innan undersökningarna genomfördes biotopkarterades de sträckor som hade valts ut. Med hjälp av karteringsuppgifterna avgränsades i varje vattendrag 400–850 m långa sträckor (undersökningslokaler)som delades upp i grunda (medeldjup <2 m) och djupa (medel djup >2 m)biotoper. På varje lokal och inom varje biotop genomfördes båtelfisken dagtid med s.k. ”strip-fishing” metodik som innebär en kvantitativ stratifierad undersökning av fiskbeståndet i flera habitat-specifika strips där varje stripomfattade ett område som var 5 m brett och 100–150 m långt. För varje habitat (biotop) beräknades ett medelvärde för fisktäthet och biomassa som sedan användes för att beräkna ett viktat medelvärde för hela lokalen. I Svartån genomfördes även utfiskningsförsök för att fastställa elfiskets fångsteffektivitet för de dominerande arterna. För övriga arter skattades fångsteffektiviteten utgående från korrelationer med data från vadningselfiske (Svenskt ElfiskeRegiSter; SERS). De hydroakustiska undersökningarna genomfördes som mobil horisontell ekolodning längs stränderna, både i uppströms och nedströmsriktning, med ekolodets transduktor riktad mot flodfårans centrala del. Ekolodningen genomfördes både på kvällstid (Österdalälven) och nattetid (Svartån). Räckvidden för ekolodet varierade med vattendjupet, men var ca 15 m vid 2 m vattendjup. Ekolodsresultaten analyserades huvudsakligen med bildanalys och filtrering av data (korsfiltrering) eftersom den metoden bedömdes ge mest tillförlitliga resultat. Med hjälp av analyserade och räknade fiskspår beräknades fiskförekomsten inom den djupa delen av varje lokal och jämfördes med resultaten från båtelfisket. Vid jämförelsen mellan båtelfiske- och ekolodsresultaten användes enbart fångstresultaten för pelagiskt uppträdande arter, då ekolodet inte detekterar bottenlevande fiskarter som lake, gers och stensimpa. Vid båtelfisket i Österdalälven varierade de viktade medelvärdena för den totala fisktätheten mellan 37 och 187 individer/ha. Dominerande arter var elritsa, stensimpa, harr och öring. I Svartån, som är mera näringsrik, var fisktätheten som väntat betydligt högre och de viktade medelvärdena för den totala fisktätheten varierade mellan 271 och 912 individer/ha. Vid båtelfisket i Svartån dominerades fångsten av karpfiskar som benlöja, mört och braxen. Fiskbiomassan varierade från 9,3 till 24,6 kg/ha. Båtelfisket gav en representativ bild av förekommande arter och storlekar i de båda vattendragen enligt tillgängligt referensmaterial. De erhållna skattningarna av fiskförekomsten i Österdalälven och Svartån var i nivå med resultat rapporterade från båtelfisken i andra länder. Den från ekolodningarna beräknade fiskförekomsten (beräkningar baserad på bildanalys) visade generellt en relativt god överensstämmelse med resultaten från båtelfisket i båda vattendragen även om ekolodsresultaten var något högre i Svartån. Vid ekolodningarna i Österdalälven låg den beräknade fisktätheten i intervallet 15–21 individer/ha. I Svartån var fisktätheten betydligt högre och varierade från 532 till 1 261 individer/ha. Fiskbiomassan låg i intervallet 17,1–23,7 kg/ha. Resultaten visar att båtelfiske och mobil horisontell ekolodning är lämpliga metoder för långsiktig övervakning av fisk i större vattendrag. I grunda områden med vattendjup mindre än 2 m kan båtelfiske användas som ensam metod för att kvantifiera fiskförekomsten (individtäthet och biomassa), men i områden med större vattendjup där båtelfisket inte är effektivt krävs att båtelfisket kompletteras med horisontell ekolodning. Genom att kombinera metoderna kan mängden fisk kvantifieras även i de djupa delarna av vattendragen. Båtelfisket ger information om förekommande fiskarter och deras storleksfördelning och dessa uppgifter kan sedan användas för att tolka de ekon (fiskspår) som registreras vid ekolodningen i de djupa avsnitten. Vår bedömning är att de testade metoderna, med vissa förbättringar, väl motsvarar kraven i en framtida övervakning av fiskresurser, ekologisk status och miljömål. Båda metoderna ger kvantitativa och upprepbara skattningar av fiskfaunan i en miljö som idag saknar lämplig kvantitativ metodik och bör implementeras i de nationella resurs- och miljöövervakningsprogrammen.