På uppdrag av Naturvårdsverket har Länsstyrelsen i Skåne län tillsammans medLänsstyrelserna i Jönköpings och Västernorrlands län varit testlän, för den andra versionen avSystem Aqua (testversion 2000-04-07). Den ursprungliga versionen av System Aquapublicerades 1996, Naturvårdsverket Rapport 4553. Denna version har omarbetats kraftigt iett nära samarbete mellan Naturvårdsverk, SLU och Länsstyrelserna i Skåne, Jönköpings samt Västernorrlands län. System Aqua är tänkt att utgöra ett instrument för att bedöma naturvärden i vattendrag och sjöar samt tillhörande avrinningsområden. Den största förändringen i den nya versionen är attnaturvärdesbedömningen fokuseras på objektens naturlighet och raritet samt speciellaförhållanden. Artrikedom har fått en underordnad roll och används bara för att särskilja iövrigt likvärdiga objekt. Biotopkarteringar ges en framträdande roll som en metod för attsamla in information till värdering och karakterisering av såväl objekt som avrinningsområde. Karakteriseringen används till bakgrundsinformation och kan utnyttjas för att bygga upp endatabas för objekt och avrinningsområden. Basen är tänkt att kunna användas i olikajämförande sammanhang, där en jämförelse mellan vattenobjekt behövs. En nyhet i SystemAqua 2000 är den grafiska presentationen av värderingen för varje indikator och den slutligabedömningen av objekten och dess avrinningsområden.