Under senare år har det blivit vanligt med biologiska undersökningar i vatten.  Det har visat sig att biologiska undersökningar, t ex bottenfauna i rinnande vatten, har många fördelar jämfört med enbart fysikalisk-kemiska mätningar. De viktigaste fördelarna är att man direkt undersöker de organismer man vill skydda och bevara samt att man får en integrerad bild av påverkan av flera olika faktorer under lång tid. Det är t ex mycket svårt att med punktvisa kemiska mätningar bestämma det lägsta pH-värdet, och därmed försurningsgraden, under året i ett vattendrag. Bottenfaunan fungerar som en bra indikator vid försurningsbedömningar eftersom känsliga arter kan dö efter bara några timmars påverkan. Viktigt är också att bottenfaunan inte bara är en indikator på miljöförändringar, utan i sig utgör ett naturvärde och ett inslag i den biologiska mångfalden.På uppdrag av länsstyrelsen i Stockholms län har Medins Sjö- och Åbiologi ABunder våren 2000 genomfört bottenfaunaundersökningar i tre sjöar (litoral) och i ett vattendrag. Undersökningens målsättning var bl a att:

• utifrån bottenfaunan bedöma försurningspåverkan

• skapa referensdata för framtida undersökningar