De djupa bottnarna i naturreservaten Nämdö och Lilla Husarn utgör södra delen av en nästan fyra mil lång, djup dal som sträcker sig från Möja ned till Nämdö i Stockholms mellanskärgård.

På uppdrag av Länsstyrelsen i Stockholms län genomförde Sveriges Vattenekologer AB i maj 2008 en marinbiologisk undersökning av de djupare bottnarna i Nämdö och Lilla Husarns naturreservat. Syftet med undersökningen var att beskriva bottensamhällenas artsammansättning, mäta syrehalt, pH och temperatur samt göra en naturvärdesbedömning. Bottensamhällena inventerades genom att ta 36 bottenhugg fördelade på 12 stationer mellan 60 och 100 m djup. Bottenvattnets syrehalt, pH och temperatur mättes på alla 12 stationer. Naturvärdesbedömningen baserades på följande aspekter:

• Artrikedom & variation - Undersökningen visade på en normal till hög (med tanke på djup) artrikedom i området. De arter som man kan förvänta sig att finna på dessa djup - baserat på andra undersökningar - förekom.

• Raritet och föroreningskänslighet - Fyra av de funna arterna är klassade som mycket föroreningskänsliga. Tre av dessa, fjällmask (Bylgides sarsi) och märlkräftorna Monoporeia affinis och Pontoporeia femorata, förekom i alla prover. Den fjärde, korvmasken Halicryptus spinulosus, förekom på hälften av provtagningsstationerna.

• Orördhet/Naturlighet - Goda syreförhållanden och låg förekomst av organiskt material på bottnarna tyder på relativt opåverkade förhållanden i området.

• Representativitet - Området representerar djupa bottnar (> 60 m djup) i Stockholms skärgård och utgör därför en relativt ovanlig biotop. Bottnarna i provtagningsområdet bestod mest av lös mjukbotten men även lerbotten och mosaikbottnar (sten, grus, sand och lera) förekom.

• Ekologisk funktion - De goda syreförhållandena på bottnarna ger förutsättningar för ett artrikt bottensamhälle. Djuren i bottensamhället utgör viktig föda för fisk och bidrar till omsättning och nedbrytning av organiskt material.

• BQI - Beräkning av BQI och statusklassning visade att alla stationer hade god status. En station på 75 m djup bedömdes ha hög status och två stationer låg nära gränsen mellan god och hög status. Sammantaget bedömdes undersökningsområdet ha god status.

De djupa bottnarna i Nämdö och Lilla Husarns naturreservat har höga naturvärden. Undersökningsområdets djupa bottnar var friska med goda syreförhållanden och artrika samhällen som inkluderade flera mycket föroreningskänsliga arter. Friska bottnar och förekomst av djursamhällen gör troligen området till en viktig födosöksmiljö för fisk. Enligt Naturvårdsverket bedömningsgrunder för bottenfauna hade samtliga undersökta stationer höga BQI-värden och områdets ekologiska status bedömdes vara god. Ett möjligt framtida hot är dock att djupområdet kan komma att användas som dumpningsplats.