Under 2007 har länsstyrelserna i Örebro, Stockholms, Värmlands, Västmanlands och Östergötlands län arbetat i samverkan med SLU, inst. för skoglig resurshushållning, med ett utvecklingsprojekt inom den regionala miljöövervakningen. Projektet har utrett hur NILS (Nationell Inventering av Landskapet i Sverige) kan användas inom regional miljöövervakning och miljömålsuppföljning för att väsentligt öka kunskapen om förutsättningar för biologisk mångfald samt på sikt visa hur förhållandena förändrar sig över tiden. Utgångspunkterna har varit att den regionala miljöövervakningens huvudsyfte är att ge ett underlag för uppföljning av de regionala miljömålen, samt att det borde ge ett mervärde och vara kostnadseffektivt att bygga vidare på ett befintligt nationellt stickprov. 

I första hand måste en regional miljöövervakning via NILS, utnyttja så mycket som möjligt av de metoder, resultat och organisation som den nationella miljöövervakningen byggt upp. Men för sparsamt förekommande objekt, kan den regionala miljöövervakningen ibland behöva ha helt andra metoder för att styra inventeringen till just de områden eller strukturer man behöver data för. En förutsättning för att övervakningen via NILS inte ska bli alltför kostsam, är därför att flera län går samman till enhetliga ”regioner” och beställer både datainsamlingen och analyserna tillsammans.