Nåttarö har pekats ut som ett skärgårdsområde som sannolikt hyser höga naturvärden och samtidigt har en låg påverkansgrad. På uppdrag av Länsstyrelsen i Stockholm genomförde i augusti 2007 Sveriges Vattenekologer AB en marinbiologisk undersökning av Nåttarös grundområden.Syftet med den marinbiologiska undersökningen var att undersöka om området innehåller de förväntade höga marina naturvärdena. Resultaten från undersökningen skulle också användas som underlag till en habitatkarta över området. Habitatkartan finns på Länsstyrelsen i Stockholms län samtRegionplane- och trafikkontorets gemensamma hemsida för geografiska data i Stockholms län: www.gisdata.se. Fältinventeringen av Nåttarös grundområden inkluderade linjetaxering av dykare på 13 transekter samt sju bottenhugg med van Veen-huggare. Linjetaxeringen beskriver bottenvegetationens artsammansättning, täckningsgradoch djuputbredning. För att uppskatta abundansen av fauna i växtsamhällena togs dessutom tre kvantitativa ramprover på två transekter.Naturvärdesbedömningen baserades på följande aspekter:" Artrikedom & variation - Inventeringen av arter visade på en normal artrikedom i området. I Nåttarö-området fanns alla bottentyper representerade, ofta i olika exponeringsgrad vilket bidrog till en varierandeartsammansättning i alg- och kärlväxtsamhällena." Raritet - Av de observerade arterna var piggvar och tånglake rödlistade som missgynnade arter." Orördhet/Naturlighet - Det fanns generellt få spår av mänsklig påverkan på Nåttarös stränder och bottnar. I Östermarsfladen på norra Nåttarö observerades dock ankringsskador i ålgräsängen. I viken observerades också en större täckning av tarmalger (Ulva spp.) än på övriga transekter i området. Den större mängden tarmalger kan tyda på en ökad närsaltbelastning inne i viken." Representativitet - I Nåttarö-området fanns exponerade ytterskärgårdslokaler, fina mellanskärgårdsområden och skyddade vikar representerade. De exponerade bottnarna inkluderade både hårdbotten och sandbotten och längs mer skyddade stränder fanns alla olika bottentyperrepresenterade." Ekologisk funktion - Under dykinventeringen observerades piggvarsyngel på öns västra sida, vilket stöder tidigare uppgifter om området som ett viktigt lekområde för den rödlistade piggvaren. På öns östra sida fanns blåstångsbälten av hög kvalité, vilka utgör viktiga miljöer för öringens yngel. De kraftiga blåstångsbältena runt ön och de artrika kärlväxtsamhällena som inkluderar ålgräsängar utgör viktiga habitat och födosöksområden för kräftdjur, snäckor och fiskar" Förekomst av prioriterade naturtyper - Blåstångsbältet i området var kraftigt och av speciellt hög kvalité med en stor djuputbredning (10,5 m) på öns exponerade östra sida. Ålgräs förekom i blandbestånd tillsammans med andra kärlväxter men också i rena ålgräsängar. Välbevuxna,grunda vikar fanns i både ytter- och mellanskärgårdsmiljö, mer eller mindre skyddade från vågor.Sammantaget bedöms Nåttarö-området ha ett högt naturvärde. Bedömningen stöds av Naturvårdsverkets tillståndsklassning där nio av de 13 dyktransekterna bedömdes vara opåverkade och fem något påverkade, vilket ger ett högt betyg till området. Jämförelsen av bottensamhällena i området medhjälp av multivariata analysmetoder visade också på opåverkade förhållanden då samhällena var lika varandra och artsammansättningen till stor del kunde förklaras av djup och bottentyp. En, i jämförelse med övriga skattningar,större förekomst av tarmalger inne den välbesökta viken Östermarsfladen indikerade dock en lokalt, ökad närsaltbelastning. Bottenfaunasamhällena i området bedömdes generellt ha god status.