Under våren 2008 inventerades 19 stycken mälarmynnande vattendrag, på förekomst av flodnejonöga. Fyra län, Stockholm, Västmanland, Uppsala och Södermanland omfattades av inventeringen. I 8 av de inventerade vattendragenkunde förekomst av flodnejonöga konstateras. Hur stora populationerna är framgår inte av denna inventering.Flodnejonögat i Mälaren är som vuxen mellan 25-35cm lång. Ryggen är mörk och buken ljus, tjockleken är som en tumme. Istället för mun har den en sugkopp med horntänder. Namnet nejonöga kommer från att man från sidan av fisken ser sjugälöppningar, ett öga och en näsborre dvs. de nio ”ögonen”.På våren vandrar den upp i vattendragen för att leka på strömmande partier av sten och grus. Leken initieras av vattentemperaturen, som då har stigit till mellan 9-14°C. Hanarna vandrar upp först och börjar iordningställa en lekgrop. I den gropen kan sedan flera flodnejonögon leka, man har sett gropar med upp till 50st lekande individer. Äggen kläcks inom en månad och den nykläckta så kallade linålen driver nedströms och landar sedan i lugnvatten. Där lever den i sedimentet och filtrerarvattnet på mikroorganismer. Efter 3-5 år sker en metamorfos och larven utvecklar sugmun och öga. Transformer (som stadiet kallas) vandrar nu ut i Mälaren för attväxa till sig och återkommer sedan till vattendraget som vuxen för att leka.De största hoten mot flodnejonögat är idag bristen på lekområden för vuxen fisk och på uppväxtplatser för larverna. Utbyggnaden av vattenkraftverk och störredammar utgör definitiva vandringshinder. Tidigare lekområden går inte att nås, uppväxtområden slammas igen eller blir torrlagda. Om delpopulationerna i Mälaren skulle visa sig för små är de extra känsliga för störningar och åtgärder bör då vidas för att stärka artens fortlevnad. Exempel på åtgärder är återställande och tillgängliggörande av lekplatser och uppväxtområden. Där kraftverk ellerdammar finns bör omlöp eller andra fiskvägar byggas för att säkerställa artens fortlevnad i Mälaren.