I Märstaåns avrinningsområde undersöktes år 2013 kiselalger på fem lokaler. Status-klassningen av provtagningslokalerna gjordes med hjälp av kiselalgsindexet IPS, som visar graden av påverkan av näringsämnen och lättnedbrytbar organisk förorening i ett vattendrag. Som stöd till detta index har även andelarna näringskrävande (TDI) och för-oreningstoleranta (%PT) kiselalger beaktats.

AB6 Märstaån vid Steninge tillhörde klass 2, god status, men befann sig i klassens nedre, dvs. sämre, del.

Övriga lokaler hamnade klass 3, måttlig status. Av dessa låg AB7 Märstaån-Halmsjöbäcken och AB10 Märstaån-Rosersbergsbäcken mycket nära gränsen mot klass 2, god status. Båda hade dock stor mängd näringskrävande kiselalger (TDI) och/eller förhöjd andel föroreningstoleranta former (%PT), vilket styrker klassningen måttlig status.

Surhetsindexet ACID visar vilken pH-regim vattnet tillhör och är framtaget framför allt för att bedöma surheten i vattendrag med pH lägre än 7. Alla lokalerna i undersökning-en bedömdes ha alkaliska förhållanden (årsmedelvärdet för pH över 7,3).

En förhöjd andel missbildade kiselalgsskal beräknades i AB9 Odensalabäcken (1,5 %) och AB10 Rosersbergsbäcken (5,3 %). För Odensalabäcken kan detta tyda på en svag påverkan och i Märstaån-Rosersbergsbäcken en tydlig påverkan av bekämpningsmedel, metaller eller liknande.